Pendidikan di bidang keteknikan sudah dimulai sejak awal berdirinya Universitas Mulawarman yaitu dengan adanya Fakultas Pertambangan berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Ilmu Pengetahuan No. 130 Tahun 1962 tanggal 28 September 1962. Keputusan tersebut kemudian dikukuhkan secara resmi berdasarkan Surat Keputusan Presiden RI No. 65 tanggal 23 April 1963 dengan diresmikannya Fakultas Pertambangan di Balikpapan. Dalam perjalanannya, fakultas tersebut ditutup karena permasalahan koordinasi dan kurangnya sumber daya. Upaya pengembangan pendidikan bidang ilmu teknik dimulai kembali pada tahun 90-an dengan dimasukkannya bidang keteknikan ke dalam Rencana Pengembangan dan Rencana Strategis Universitas Mulawarman. Dengan terbitnya SK Dirjen Dikti Depdiknas No. 147/DIKTI/Kep/1999 tanggal 19 April 1999, maka Program Studi Diploma 3 Teknik Pertambangan di Universitas Mulawarman resmi dibuka. Untuk menyelenggarakan program studi tersebut dibentuk Unit Pelaksana (UP) pendidikan Program Studi Diploma 3 Teknik Pertambangan berdasarkan SK Rektor UNMUL No. 145/KP/1999 tanggal 15 Juli 1999.

Program akademik jenjang Sarjana (S1) diusulan kepada Dirjen Dikti Depdiknas pada 2003 berupa Program Studi S1 Teknik Pertambangan, S1 Teknik Sipil, S1 dan S1Teknik Industri. Usulan tersebut ditindaklanjuti pada tahun tahun yang sama dengan terbitnya keputusan Dirjen Dikti Depdiknas No. 1192/D/T/2003 tanggal 11 Juni 2003 tentang Izin Penyelenggaraan Program Studi S1 Teknik Sipil, S1 Teknik Industri dan S1 Teknik Pertambangan. Setahun kemudian program studi Teknik Lingkungan didirikan pada tahun 11 Juni 2004 dengan nomor SK 2051/D/T/2004. Sebagai langkah pengembangan organisasi, maka UP FT UNMUL kemudian ditingkatkan statusnya menjadi Fakultas Teknik berdasarkan Surat Persetujuan Dirjen Dikti Kemendiknas No. 2880/D/T/2007 dan SK Rektor No. 297/DT/2007.

Pada tahun 2010, Prodi S1 Teknik Kimia berdiri setelah terbit Keputusan Mendiknas RI No. 28/D/O/2010 tentang Izin Penyelenggaraan Program Studi S1 Teknik Kimia. Selanjutnya di tahun 2014 Unmul diberikan izin untuk membuka Prodi S1 Teknik Geologi, S1 Teknik Elektro, S1 Arsitektur, S1 Teknik Mesin, D3 Petro dan Oleo Kimia, dan D3 Survei dan Pemetaan melalui SK Menteri Pendidikan dan Kebudayaan nomor 313/E/O/2014. Pada tahun 2020, Rektor Universitas Mulawarman menerbitkan peraturan nomor 1 tahun 2020 tentang Prodi S1 Informatika dan Prodi S1 Sistem Informasi yang diintegrasikan ke Fakultas Teknik.

Untuk mendukung kegiatan akademik, Fakultas Teknik Unmul terus mengembangkan fasilitas, sarana, dan prasarana. Berdasarkan SK Rektor nomor 244/DT/2007 tanggal 19 Juni 2007 dibentuk 6 Laboratorium, 1 Studio, dan 1 Bengkel. Fasilitas-fasilitas tersebut digunakan untuk kepentingan Tri Dharma Perguruan Tinggi dalam wujud kegiatan akademik di Fakultas Teknik Unmul. Selain itu, Fakultas Teknik Unmul juga didukung unit penunjang berupa Ruang Baca Fakultas Teknik merupakan Unit dibawah Perpustakaan Unmul, Divisi Teknologi Informasi (IT), dan Gugus Jaminan Mutu (GJM). Saat ini Fakultas Teknik Unmul telah memiliki10 Prodi jenjang Sarjana dan 1 Prodi jenjang Profesi. Fakultas Teknik Unmul memiliki 117 staf pengajar (PNS dan Non PNS) serta tenaga kependidikan sebanyak 54 orang (PNS dan Non PNS).

Program Studi Arsitektur Universitas Mulawarman (Prodi Arsitektur Unmul) berdiri berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan nomor 313/E/O/2014 tanggal 12 Agustus 2014. Setelah izin tersebut keluar, Unmul tidak segera melakukan penerimaan mahasiswa pada tahun 2015 dengan alasan pembenahan fasilitas dan sumber daya manusia yang berkaitan dengan Prodi Arsitektur Unmul. Pada awal 2020, Unmul melalui surat nomor 809/UN17/PP/2020 tertanggal 5 Maret 2020 memohon penjelasan kepada Dirjen Dikti Kemdikbud RI tentang status Prodi Arsitektur Unmul. Dalam surat Dirjen Dikti nomor 456/E.E3/OT/2020 tanggal 29 April 2020, Prodi Arsitektur Unmul dinyatakan berstatus aktif dan direkomendasikan untuk menerima mahasiswa baru.

Prodi Arsitektur Unmul pertama kali menerima mahasiswa baru pada tahun akademik 2020/2021. Pada tahun 2020 tersebut, Prodi Arsitektur Unmul menerima mahasiswa baru sebanyak 27 orang mahasiswa. Kemudian pada tahun kedua, yakni tahun 2021 Prodi Arsitektur Unmul menerima sebanyak 48 orang mahasiswa. Dosen tetap yang ditugaskan di prodi Arsitektur Universitas Mulawarman berjumlah 9 orang dan dibantu oleh staf, tenaga kependidikan, dan laboran.